סנכרון המשתמשים הוא תהליך פשוט אך קריטי למערכת. תהליך זה מושך את כל הנתונים המעודכנים ממשרד החינוך למערכת של סקולי. נתונים מעודכנים חשובים מכיוון שהם מאפשרים לכל תלמיד והורה להשתמש בכל השירותים של סקולי. כגון : כניסה למרחבי כיתות, שימוש באפליקציה, הזנת ציונים ואירועי משמעת ועוד.